Τα παλαιότερα στοιχεία των κατοίκων στην Κρήτη είναι η προ-κεραμική νεολιθική αγροτική κοινότητα που χρονολογείται περίπου από το 7000 π.Χ. Μια συγκριτική μελέτη απλοομάδων DNA σύγχρονων Κρητικών ανδρών έδειξε ότι μια αρσενική ομάδα ιδρυτών, από την Ανατολία ή τη Λεβάντε, μοιράζεται με τους Έλληνες. Ο νεολιθικός πληθυσμός κατοικούσε σε ανοιχτά χωριά. Οι καλύβες των ψαράδων χτίστηκαν στις ακτές, ενώ η εύφορη πεδιάδα της Μεσσαράς χρησιμοποιήθηκε για τη γεωργία.

Η Εποχή του Χαλκού ξεκίνησε περίπου το 2700 π.Χ. στην Κρήτη. Στα τέλη της 3ης χιλιετίας π.Χ., αρκετές περιοχές στο νησί εξελίχθηκαν σε κέντρα εμπορίου και χειροτεχνίας. Αυτό επέτρεψε στις ανώτερες τάξεις να ασκούν συνεχώς δραστηριότητες ηγεσίας και να διευρύνουν την επιρροή τους. Είναι πιθανό ότι οι αρχικές ιεραρχίες των τοπικών ελίτ αντικαταστάθηκαν από μοναρχικές δομές εξουσίας – προϋπόθεση για τη δημιουργία των μεγάλων παλατιών. Από την Πρώιμη Εποχή του Χαλκού (3500 π.Χ. έως 2600 π.Χ.), ο μινωικός πολιτισμός στην Κρήτη έδειξε την υπόσχεση του μεγαλείου.

Στο τέλος της Μεσομινωικής περιόδου ΙΙ (ΜΜΙΙ) (1700 π.Χ.), υπήρξε μια μεγάλη αναστάτωση στην Κρήτη, πιθανώς σεισμός ή πιθανώς εισβολή από την Ανατολία. Τα παλάτια στην Κνωσό, τη Φαιστό, τα Μάλια και την Κάτω Ζάκρο καταστράφηκαν. Ωστόσο, με την έναρξη της Νεοανακτορικής περιόδου, ο πληθυσμός αυξήθηκε ξανά, τα παλάτια ανοικοδομήθηκαν σε μεγαλύτερη κλίμακα και χτίστηκαν νέοι οικισμοί σε όλο το νησί. Αυτή η περίοδος (17ος και 16ος αιώνας π.Χ., ΜΜΙΙΙ/Νεοανακτορική περίοδος) αντιπροσωπεύει την κορυφή του μινωικού πολιτισμού. Άλλη μία φυσική καταστροφή υπήρξε ξανά γύρω στο 1600 π.Χ., πιθανώς μια έκρηξη του ηφαιστείου της Σαντορίνης (Θήρα). Οι Μινωίτες ξαναέχτισαν τα παλάτια, κάνοντάς τα ακόμη μεγαλύτερα από πριν.

Η επιρροή του μινωικού πολιτισμού εκτός της Κρήτης φάνηκε στα στοιχεία πολύτιμων μινωικών ειδών χειροτεχνίας στην ελληνική ηπειρωτική χώρα. Είναι πιθανό ότι ο κυβερνών οίκος των Μυκηνών συνδεόταν με το μινωικό εμπορικό δίκτυο. Μετά το 1700 π.Χ., ο υλικός πολιτισμός στην ηπειρωτική Ελλάδα απέκτησε ένα νέο επίπεδο, λόγω της μινωικής επιρροής. Οι συνδέσεις μεταξύ Αιγύπτου και Κρήτης είναι εξέχουσες. Τα μινωικά κεραμικά βρίσκονται σε αιγυπτιακές πόλεις και οι Μινωίτες εισήγαγαν αρκετά αντικείμενα από την Αίγυπτο, ιδιαίτερα τον πάπυρο, καθώς και αρχιτεκτονικές και καλλιτεχνικές ιδέες. Τα αιγυπτιακά ιερογλυφικά χρησίμευσαν ως πρότυπο για τη μινωική εικονογραφική γραφή, από την οποία αργότερα αναπτύχθηκαν τα περίφημα συστήματα γραφής Γραμμικά Α και Γραμμικά Β. Ο Γερμανός ιστορικός Hermann Bengtson έχει επίσης επιδείξει τη μινωική επιρροή μεταξύ των Χαναναϊκών τεχνουργημάτων.

Γύρω στο 1450 π.Χ., ο μινωικός πολιτισμός γνώρισε μια καμπή λόγω φυσικής καταστροφής, πιθανώς σεισμού. Μια άλλη έκρηξη του ηφαιστείου Thera έχει συνδεθεί με αυτήν την πτώση, αλλά η χρονολόγηση και οι επιπτώσεις του παραμένουν αμφιλεγόμενες. Αρκετά σημαντικά παλάτια σε τοποθεσίες, όπως τα Μάλλια, η Τυλισός, η Φαιστός, η Αγία Τριάδα καθώς και οι κατοικίες της Κνωσού, καταστράφηκαν. Το παλάτι στην Κνωσό φαίνεται ότι παρέμεινε σε μεγάλο βαθμό άθικτο. Ως αποτέλεσμα, η Δυναστεία στην Κνωσό μπόρεσε να εξαπλώσει την επιρροή της σε μεγάλα τμήματα της Κρήτης, έως ότου κατακλύστηκε από Μυκηναίους Έλληνες.

Οι χώροι των μινωικών ανακτόρων καταλήφθηκαν από τους Μυκηναίους γύρω στο 1420 π.Χ. (1375 π.Χ. σύμφωνα με άλλες πηγές), οι οποίοι προσάρμοσαν την Γραμμική Α Μινωική γραφή στις ανάγκες της δικής τους μυκηναϊκής γλώσσας. Ήταν μια μορφή ελληνικής, η οποία γράφτηκε στη Γραμμική Β. Το πρώτο τέτοιο αρχείο βρίσκεται οπουδήποτε μέσα στην «Αίθουσα των Δισκίων Αρμάτων» της Υστερομινωικής ΙΙ εποχής (ΥMII). Οι Μυκηναίοι γενικά τείνουν να προσαρμόζουν, αντί να καταστρέφουν τον μινωικό πολιτισμό, τη θρησκεία την τέχνη και συνέχισαν να λειτουργούν το οικονομικό σύστημα αλλά και τη γραφειοκρατία των Μινωιτών.

Κατά τη διάρκεια της (ΥMIIIA: 1, ο Amenhotep III στο Kom el-Hatan σημείωσε το k-f-t-w (Kaftor) ως ένα από τα «Μυστικά εδάφη της Βόρειας Ασίας». Αναφέρονται επίσης Κρητικές πόλεις, όπως ο Ἀμνισός, η Φαιστός, η Κυδωνία και η Κνωσός, καθώς και ορισμένα τοπωνύμια που ανακατασκευάστηκαν ως ανήκουν στις Κυκλάδες ή την ηπειρωτική Ελλάδα. Εάν οι τιμές αυτών των αιγυπτιακών ονομάτων είναι ακριβείς, τότε αυτός ο Φαραώ δεν προνόμησε την ΥMIII Κνωσό πάνω από τα άλλα κράτη της περιοχής.

Μετά από περίπου έναν αιώνα μερικής ανάκαμψης, οι περισσότερες Κρητικές πόλεις αλλά και τα παλάτια υποχώρησαν μέσα στον 13ο αιώνα π.Χ. (ΥΕIIIB/ΥMIIIB). Τα τελευταία αρχεία Γραμμικής Α χρονολογούνται από την ΥMIIIA (συγχρόνως με την Υστεροελλαδική IIIA-ΥΕIIIA).

Η Κνωσός παρέμεινε διοικητικό κέντρο μέχρι το 1200 π.Χ. Ο τελευταίος από τους Μινωικούς χώρους ήταν ο αμυντικός ορεινός χώρος του Καρφί, ένα καταφύγιο που εμφανίζει ίχνη Μινωικού πολιτισμού σχεδόν στην Εποχή του Σιδήρου.

Μινωική Χρονολογία
3650–3000 ΠΧ	ΠMI	Προανακτορική
2900–2300 ΠΧ	ΠMII
2300–2160 ΠΧ	ΠMIII
2160–1900 ΠΧ	MMIA
1900–1800 ΠΧ	MMIB	Παλαιοανακτορική
1800–1700 ΠΧ	MMII
1700–1640 ΠΧ	MMIIIA	Νεοανακτορική
1640–1600 ΠΧ	MMIIIB
1600–1480 ΠΧ	ΥMIA
1480–1425 ΠΧ	ΥMIB
1425–1390 ΠΧ	ΥMII	Μετανακτορική
1390–1370 ΠΧ	ΥMIIIA1
1370–1340 ΠΧ	ΥMIIIA2
1340–1190 ΠΧ	ΥMIIIB
1190–1170 ΠΧ	ΥMIIIΓ
1100 ΠΧ	Υπομινωική